3.0. Baytarlığın əsas vəzifələri aşağıdakılardır:
3.0.1. Azərbaycan Respublikasının ərazisini xarici ölkələrdən keçə biləcək yoluxucu heyvan xəstəliklərindən qorumaq;
3.0.2. heyvanların yoluxan və yoluxmayan xəstəliklərinin profilaktikası, diaqnostikası və müalicəsi ilə məşğul olmaq, heyvanların çoxaldılması və məhsuldarlığın artırılmasına yönəldilmiş tədbirlər görmək;
3.0.3. əhalini heyvan və insanlar üçün ümumi olan xəstəliklərdən qorumaq;
3.0.4. dövlət baytarlıq nəzarətində olan yüklərin ölkə daxilində daşınmasına və tranzitinə, habelə onların idxalına və ixracına qanunla müəyyən edilmiş qaydada baytarlıq (baytarlıq-sanitariya) təhlükəsizliyini təmin etmək və baytarlıq nəzarətini həyata keçirmək;
3.0.5. insanların qidalanması, heyvanların yemləndirilməsi və emal üçün nəzərdə tutulan heyvan mənşəli məhsulların və xammalın heyvankəsim məntəqələri və sexlərində, emal müəssisələrində, tədarük, saxlanma, satış və digər yerlərdə baytarlıq (baytarlıq-sanitariya) ekspertizasını qanunvericiliklə müəyyən edilmiş qaydada keçirmək;
3.0.6. heyvan xəstəlikləri ilə mübarizə üsulları və vasitələri işləyib hazırlamaq, baytarlıq preparatları və vasitələrinin, yem məhsullarının və yem əlavələrinin, biostimulyatorların və hormonların təhlükəsizliyinə və keyfiyyətinə qanunla müəyyən edilmiş qaydada nəzarət etmək;
3.0.7. baytarlıq və heyvandarlıq sahəsində fəaliyyət göstərən hüquqi və fiziki şəxslər tərəfindən ətraf mühitin çirklənməsinin qarşısını almaq və çirklənməni aradan qaldırmaq;
3.0.8. baytarlıq elminin inkişafı üçün tədbirlər görmək, elmi nəticələrin təsərrüfatlarda tətbiqində, baytarlıq mütəxəssislərinin hazırlanmasında və ixtisaslarının artırılmasında iştirak etmək;
3.0.9. baytarlıq sahəsində müvafiq beynəlxalq təşkilatın tələb və tövsiyələri nəzərə alınmaqla heyvanlara və heyvandarlıq məhsullarına Azərbaycan Respublikasının baytarlıq (baytarlıq-sanitariya) tələblərini hazırlamaq;
3.0.10. Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyində nəzərdə tutulan digər vəzifələri yerinə yetirmək.