Heyvanlar aləminin mühafizəsi və istifadəsi sahəsində idarəetmə aşağıdakı prinsiplərə əsaslanır:
heyvanlar aləminin mühafizəsi, artırılması və istifadəsi üzərində dövlət nəzarətinin zəruriliyi;
vəhşi heyvanların yaşayış mühitinin, miqrasiya yollarının, qışlama yerlərinin, nəsilartırma və çoxalma şəraitinin mühafizəsi;
heyvanlar aləmindən istifadənin humanist prinsiplərə uyğun olaraq həyata keçirilməsi;
heyvanlar aləmindən istifadə hüququnun su obyektlərindən, meşələrdən və digər təbii sərvətlərdən istifadə hüququndan ayrılması;
heyvanlar aləminin və onların yaşayış mühitinin mühafizəsi istiqamətində fəaliyyət növlərinə dövlət himayəsi;
heyvanlar aləmindən istifadənin ödənişli olması və limitləşdirilməsi;
heyvanlar aləminin mühafizəsi və istifadəsi üzərində nəzarət funksiyaları ilə istifadə fəaliyyəti funksiyalarının ayrılması;
əhalinin sağlamlığına, təbiətə və iqtisadiyyata ziyan vurulmasının qarşısının vaxtında alınması məqsədilə heyvanların sayının tənzimlənməsi;
heyvanlar aləminin və onların yaşayış mühitinin vəziyyətinə təsir göstərə bilən müəssisə və obyektlərin ekoloji ekspertizasının aparılması.