Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məhkəməsinin kollegiyaları apellyasiya instansiyası məhkəməsi kimi Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məhkəməsinin ərazi yurisdiksiyasına aid edilmiş birinci instansiya məhkəmələri tərəfindən baxılmış işlər üzrə qərarlardan verilmiş apellyasiya şikayətləri və apellyasiya protestləri üzrə işlərə baxırlar.
Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məhkəməsinin kollegiyası Azərbaycan Respublikası qanunvericilik aktlarının düzgün tətbiq edilməsi üçün tədbirlər görür, məhkəmə statistikasını təhlil edir, məhkəmə təcrübəsini öyrənir və ümumiləşdirir, Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məhkəməsinin ərazi yurisdiksiyasına aid edilmiş birinci instansiya məhkəmələrinə metodik kömək göstərir, Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi ilə ona aid edilmiş digər səlahiyyətləri həyata keçirir.