Azərbaycan Respublikasında mülki müdafiə ümumdövlət müdafiə sisteminin tərkib hissəsi olmaqla aşağıdakı prinsiplər əsasında təşkil edilir:
1) ərazi prinsipi (mülki müdafiə tədbirlərinin Azərbaycan Respublikasının bütün ərazisində təşkil edilməsi);
2) fərqli və kompleks yanaşma prinsipi (Azərbaycan Respublikasında mülki müdafiə tədbirlərinin ayrı-ayrı bölgələrin, şəhərlərin, istehsal və sosial təyinatlı obyektlərin hərbi-strateji, iqtisadi və digər xüsusiyyətləri nəzərə alınmaqla planlaşdırılması və əlaqələndirmiş şəkildə həyata keçirilməsi);
3) kütləvilik və məcburilik prinsipi (mülki müdafiə tədbirlərinin Azərbaycan Respublikasının bütün əhalisini əhatə etməsi və məcburi xarakter daşıması);
4) daimi hazırlıq prinsipi (Azərbaycan Respublikasının mülki müdafiə sisteminin fövqəladə hadisələr zamanı dərhal və səmərəli fəaliyyətə başlamağa hazır vəziyyətdə olması);
5) dərhal xəbərdarlıq prinsipi (baş verə biləcək və ya baş vermiş fövqəladə hadisələr haqqında Azərbaycan Respublikasının əhalisinə dərhal məlumat verməsi);
6) qarşılıqlı əlaqə prinsipi (mülki müdafiənin təmin edilməsində iştirak edən Azərbaycan Respublikasının dövlət orqanlarının və mülki müdafiə qüvvələrinin sıx və uzlaşdırılmış fəaliyyət göstərməsi).