Azərbaycan Respublikasının dövlət sanitariya-epidemioloji xidməti əhalinin sağlamlığını qorumaq və möhkəmləndirmək, sağlam həyat tərzi formalaşdırmaq və xəstəliklərin profilaktikasını təmin etmək məqsədilə ətraf mühitin zərərli amillərinin əhalinin sağlamlığına təsirinin qarşısının alınmasına, aşkara çıxarılıb ləğv olunmasına yönəldilmiş aşağıdakı vəzifələri yerinə yetirir;
dövlət sanitariya nəzarəti və epidemioloji tədqiqatlar aparılması;
ətraf mühit amillərinin əhalinin sağlamlığına təsirinin uçotu, statistikası və sosial-gigiyena monitorinqi;
əhalinin sanitariya-epidemioloji salamatlığını təmin edən proqramların hazırlanması, onların həyata keçirilməsinə təşkilati-metodik rəhbərlik və nəzarət edilməsi;
əhalinin sağlamlığının qorunması və möhkəmləndirilməsi, yoluxucu, parazitar xəstəliklərin profilaktikası və ləğvi sahəsində, habelə ekstremal vəziyyətlər yarandıqda sanitariya-gigiyena tədbirlərinin, epidemiya əleyhinə tədbirlərin təşkili və həyata keçirilməsi;
ətraf mühitin zərərli amillərinin gigiyena baxımından normalaşdırılması və tənzimlənməsi;
sağlam həyat tərzini formalaşdırmaq, əhalinin sanitariya mədəniyyətini yüksəltmək üçün gigiyena biliklərinin təbliğ edilməsi;
dövlət sərhədinin buraxılış məntəqələrində istisna olmaqla, Azərbaycan Respublikası ərazisinin karantin infeksiyaları gətirilməsindən və yayılmasından, sağlamlıq üçün təhlükəli istehlak əşyaları idxalından sanitariya mühafizəsi.
Dövriyyədə olan dərman və tibb vasitələri, habelə dərman maddələri barəsində müəyyən olunmuş sanitariya-gigiyena tələblərinə əməl olunmasına nəzarətin həyata keçirilməsi.