Dövlət sərhədinin mühafizəsini həyata keçirərkən sərhəd mühafizə orqanları aşağıdakı hüquqlara malikdir:
1) xidməti vəzifələri icra edərkən sərhədyanı rayonların ərazisində maneəsiz hərəkət etmək, həmin ərazidə sənədləri, nəqliyyat vasitələrini, onlarda daşınan yükləri və digər əmlakı yoxlamaq;
1-1) şəxslərin Azərbaycan Respublikasının dövlət sərhədindən qanunsuz keçməsinin, habelə narkotik vasitələrin, psixotrop maddələrin və onların prekursorlarının, güclü təsirli, zəhərli, zəhərləyici, radioaktiv, partlayıcı maddələrin və qurğuların, hərbi texnikanın, odlu silah və döyüş sursatının, nüvə, kimyəvi, bioloji və digər kütləvi qırğın silahlarının, kütləvi qırğın silahlarının hazırlanmasında istifadə oluna bilən materialların və avadanlıqların, mülki dövriyyəsi qadağan olunmuş və ya məhdudlaşdırılmış digər əşyaların dövlət sərhədindən qanunsuz keçirilməsinin qarşısını almaq məqsədi ilə Azərbaycan Respublikası dövlət sərhədinin buraxılış məntəqələrində ölkəyə gələn və ölkədən gedən nəqliyyat vasitələrinə, yüklərə və başqa əşyalara müvafiq icra hakimiyyəti orqanının müəyyən etdiyi qaydada baxış keçirilməsini təmin etmək;
1-2) əməliyyat-axtarış, kəşfiyyat və əks-kəşfiyyat fəaliyyətinin həyata keçirilməsi ilə əlaqədar xidməti vəzifələri icra edərkən vaqonların, avtomobillərin, konteynerlərin, gəmi anbarlarının, xaricə gedən və xaricdən gələn dəniz və hava gəmilərinin başqa yerlərinin gömrük orqanları ilə birlikdə (Xəzər dənizinin Azərbaycan Respublikasına mənsub olan bölməsində milli maraqlara təhdidlər haqqında əməliyyat məlumatları olduqda, gömrük orqanlarının iştirakını təmin etmək mümkün olmadığı hallarda milli təhlükəsizliyi və yaxud dövlət sərhədinin toxunulmazlığını təmin etmək məqsədi ilə - müstəqil surətdə) açdırılmasını təmin etmək;
2) Azərbaycan Respublikasının dövlət sərhədinin mühafizəsi ilə əlaqədar səlahiyyətləri daxilində əməliyyat-axtarış, kəşfiyyat və əks-kəşfiyyat tədbirləri planlaşdırmaq, həyata keçirmək və bununla bağlı məsələləri həll etmək;
3) Dövlət sərhədindən keçən şəxslərin Azərbaycan Respublikasına gəlmək və ya Azərbaycan Respublikasından getmək hüququna dair sənədlərini yoxlamaq, həmin sənədlərdə müvafiq qeydlər etmək və zərurət olduqda bunları müvəqqəti saxlamaq;
Azərbaycan Respublikasına gəlmək və ya Azərbaycan Respublikasından getmək hüququna dair etibarlı sənədləri olmayan şəxsləri onlar Dövlət sərhədindən keçmək hüququna dair sənədləri lazımınca rəsmiləşdirənədək və ya Azərbaycan Respublikası vətəndaşlarının xaricdə olduqları dövrdə öz sənədlərini itirməsi halları araşdırılanadək və onların şəxsiyyəti müəyyən edilənədək Dövlət sərhədindən buraxmamaq;
4) bu Qanunla müəyyən edilmiş hallarda baxış keçirilərkən aşkar edilmiş hüquqpozma predmetlərini qanunla müəyyən edilmiş qaydada götürmək;
5) Azərbaycan Respublikasına gətirilməsi və ya Azərbaycan Respublikasından aparılması qadağan edilmiş materialları, əşyaları və sənədləri, habelə qaçaq malı Dövlət sərhədindən keçirməyə cəhd göstərmiş şəxslərin Azərbaycan Respublikasına və ya Azərbaycan Respublikasından buraxılması məsələsini yol verilmiş hüquq pozuntusu hallarını və xarakterini nəzərə almaqla həll etmək;
6) zəruri hallarda sərhədçi dəstələri ilə nəqliyyat vasitələrini müşayiət etmək;
7) xaricə gedən nəqliyyat vasitələrinin Dövlət sərhədinin buraxılış məntəqələrində dayanma (dayanacaq) yerlərini və müddətini gömrük idarələri (postları), əlaqədar müəssisələr, idarələr və təşkilatlar ilə birlikdə müəyyən etmək;
8) Azərbaycan Respublikasının ərazi və daxili sərhədboyu sularında üzərkən və olarkən, habelə Azərbaycan Respublikasının limanlarında dayanacaq vaxtı hüquq pozuntusuna yol vermiş xarici gəmilərin heyət üzvlərinin və gəmilərdə olan digər şəxslərin sahilə çıxmasına və sahildə olmasına yol verməmək;
9) Azərbaycan Respublikasının beynəlxalq və dövlətlərarası müqavilələrinə müvafiq surətdə aparılan tikintilərdə, ümumdövlət və müdafiə əhəmiyyətli tikintilərdə görülən işlər, təbii fəlakətlər, xüsusilə təhlükəli yoluxucu xəstəliklər ilə əlaqədar tədbirlər istisna edilməklə, sərhədboyu zolaqda müxtəlif işlərin görülməsini şəraitin tələb etdiyi hallarda məhdudlaşdırmaq;
10) Azərbaycan Respublikası ərazisinə basqınların dəf edilməsi, Dövlət sərhədində müxtəlif fitnələrin qarşısının alınması, Dövlət sərhədini pozanların axtarılması və tutulması zamanı, habelə şəraitin tələb etdiyi digər zəruri hallarda mülkiyyət formasından asılı olmayaraq müəssisə, idarə və təşkilatların elektrik, rabitə və nəqliyyat vasitələrindən (xarici dövlətlərin diplomatik və digər nümayəndəliklərinə, beynəlxalq təşkilatlara məxsus vasitələrdən başqa), o cümlədən ictimai birliklərə və vətəndaşlara məxsus nəqliyyat vasitələrindən istifadə etmək;
11) vətəndaşlardan və vəzifəli şəxslərdən ictimai qaydalara əməl olunmasını tələb etmək; onların vəzifələrinin icrasına mane olan hüquq pozuntularının və digər hərəkətlərin qarşısını almaq;
12) sərhədyanı rayonların ərazisində dövlət sərhədini pozanların axtarılması və tutulması, respublika ərazisində isə onların təqib olunması ilə əlaqədar tədbirlər görərkən mülkiyyət formasından asılı olmayaraq (diplomatik toxunulmazlığa malik olanlardan başqa) müəssisə, idarə və təşkilatların yerləşdiyi əraziyə və binaya qanunvericiliklə müəyyən edilmiş qaydada daxil olmaq;
13) sərhədyanı rayonların ərazisində dövlət sərhədini pozanların axtarılması və tutulması ilə əlaqədar tədbirlərin görülməsi məqsədi ilə küçələrdə və yaşayış məntəqəsindən kənardakı yollarda nəqliyyat vasitələrinin və piyadaların hərəkətini müvəqqəti dayandırmaq və ya məhdudlaşdırmaq;
14) xidməti vəzifələrin icrası üçün zəruri məlumatı mülkiyyət formasından asılı olmayaraq (diplomatik toxunulmazlığa malik olanlardan başqa) müəssisə, idarə və təşkilatlardan əvəzsiz almaq (bu cür məlumatın əldə olunmasının qanunla müəyyən edilmiş digər qaydaları mövcud olan hallardan başqa);
15) Azərbaycan Respublikasının dövlət sərhədinin mühafizəsində fərqlənmiş vətəndaşları mükafatlandırmaq;
16) Azərbaycan Respublikasının qanunlarına, dövlətlərarası müqavilələrinə, habelə hamılıqla qəbul olunmuş beynəlxalq hüquq prinsiplərinə və normalarına müvafiq surətdə Dövlət sərhədinin qorunması sahəsində başqa tədbirləri həyata keçirmək.