Xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin təşkili, mühafizəsi və istifadəsi aşağıdakı prinsiplərə əsaslanır:
bioloji müxtəlifliyin və təbii ekoloji sistemin qorunub saxlanması;
xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərindən və obyektlərindən məqsədli istifadə, habelə elmin, mədəniyyətin, təhsilin və maarifin inkişafı üçün səmərəli istifadə edilməsi;
sosial-iqtisadi amillərin və yerli əhalinin maraqları nəzərə alınmaqla, turizmin və rekreasiyanın inkişafı;
xüsusi mühafizə olunan təbiət əraziləri və obyektləri sahəsində dövlət tənzimlənməsi və nəzarət;
xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərindən və obyektlərindən istifadənin qanunla nəzərdə tutulmuş hallarda ödənişli olması;
xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərin və obyektlərin mühafizəsi sahəsində əhalinin və ictimai birliklərin iştirakı;
beynəlxalq əməkdaşlıq.