5.1. Azərbaycan Respublikasında fitosanitar nəzarəti bitki mühafizəsi və karantini sahəsində beynəlxalq standartların, qaydaların və tövsiyələrin tələblərinə uyğun qurulur və aşağıdakı prinsiplərə əsaslanır:
5.1.1. əlaqələndirmə;
Bitki və bitkiçilik məhsullarının karantin tətbiq edilən zərərli orqanizmlərdən mühafizəsinə yönəldilmiş fitosanitar tədbirlər beynəlxalq əməkdaşlıq çərçivəsində vahid metodika üzrə hazırlanmalı və tətbiq edilməlidir.
5.1.2. ekvivalentlik;
Bitki və bitkiçilik məhsullarının beynəlxalq ticarəti zamanı ölkədə mövcud olan fitosanitar vəziyyət və həyata keçirilən fitosanitar tədbirlər barədə xarici dövlətlərə obyektiv məlumat verilməli, həmin ölkələrdə tətbiq olunan fitosanitar tədbirlərin hüquqi qüvvəsinin bərabərliyi qəbul edilməlidir.
5.1.3. şəffaflıq;
Fitosanitar nəzarəti sahəsində Azərbaycan Respublikasında qəbul edilmiş normativ hüquqi aktlar, habelə onlara edilmiş dəyişikliklər və əlavələr barədə müvafiq beynəlxalq təşkilatlar məlumatlandırılmalı və həyata keçirilən fitosanitar tədbirlər üzrə informasiya mübadiləsi aparılmalıdır.
5.1.4. Riskin qiymətləndirilməsi;
Azərbaycan Respublikasında həyata keçirilən fitosanitar tədbirlər elmi dəlillərə əsaslanmalı, müvafiq beynəlxalq təşkilatlar tərəfindən işlənib hazırlanmış riskin qiymətləndirilməsi texnikasını, istehsal, emal, nəzarət, ekspertiza və sınaq metodlarını nəzərə almalı, karantin tətbiq edilən zərərli orqanizmlərin ölkə ərazisinə daxil olması, məskunlaşması, yayılması və dövlət sərhədindən kənara çıxması riskini minimuma endirməli, insanların, ətraf mühitin və ərazinin iqtisadiyyatının təhlükəsizliyini təmin etməlidir.
5.1.5. Fitosanitar mühafizənin səviyyəsinin müəyyənləşdirilməsi;
Bitki və bitkiçilik məhsullarının zərərli orqanizmlərdən qorunmasını təmin etmək məqsədilə fitosanitar mühafizənin səviyyəsinin konsepsiyası müəyyən olunmalı, tətbiqində daimilik, sabitlik və ardıcıllıq təmin edilməli, tətbiqi qaydaları beynəlxalq standartlara uyğunlaşdırılmalı, əsassız və ya özünü doğrultmayan məhdudiyyətlərə və fərqliliyə yol verilməməlidir.
5.1.6. Regional şəraitə uyğunlaşma;
Regionun fitosanitar vəziyyəti və xüsusiyyətləri qiymətləndirilərkən bitki və bitkiçilik məhsulları idxal və ixrac edən ölkələrin coğrafi mövqeyi, ekosistemləri, epidemioloji nəzarət faktorları, habelə fitosanitar tədbirlərin səmərəliliyi, əraziyə xas olan bitki xəstəliklərinin və zərərvericilərinin mövcudluğu, yayılma səviyyəsi, məhvetmə və nəzarət proqramları nəzərə alınmalı, fitosanitar mühafizənin səviyyəsini müəyyənləşdirən konsepsiyaları tanınmalıdır.
5.2. Fitosanitar nəzarətinin digər prinsipləri bitki mühafizəsi və karantini sahəsində Azərbaycan Respublikasının qanunvericiliyi və tərəfdar çıxdığı beynəlxalq müqavilələrin şərtləri ilə müəyyən olunur.