Xüsusi mühafizə olunan təbiət əraziləri və obyektləri dövlət büdcəsindən, yerli büdcələrdən, büdcədənkənar vəsaitlərdən, ətraf mühitin mühafizəsi üzrə fondların vəsaitləri hesabına və qanunvericilikdə qadağan edilməyən digər maliyyə mənbələrindən maliyyələşdirilir.
Respublika və ya bölgə əhəmiyyətli xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin və obyektlərinin mühafizəsi və bərpası, onların inkişafı və yerləşdirilməsi üzrə respublika sxeminin hazırlanması, dövlət kadastrının aparılması, elmi, mədəni-maarif və tədris tədbirləri dövlət büdcəsinin və ətraf mühitin mühafizəsi üzrə fondların vəsaitləri hesabına maliyyələşdirilir.
Yerli əhəmiyyətli xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin və obyektlərinin saxlanması və təşkil edilməsi, onların inkişafı və yerləşdirilməsi üzrə sxemlərin hazırlanması, elmi, mədəni-maarif, tədris tədbirləri yerli büdcələrin və büdcədənkənar vəsaitlərin hesabına maliyyələşdirilir.